Co-principale | Co-advisor : Milla Rautio (UQAC)

86% des lacs sont couverts de glace pendant une partie de l’année, mais ils subissent de profonds changements liés au dérèglement climatique, tels que la réduction de l’épaisseur et de la durée du couvert de glace sur les lacs, l’augmentation de la connectivité hydrique et de l’apport anthropique. Ces changements seront amenés à modifier en profondeur les microbiomes des lacs alors que les microorganismes jouent des rôles clés dans les écosystèmes lacustres, notamment en Arctique. Mon projet de recherche vise à caractériser les microbiomes de ces lacs afin de déterminer la taxonomie et les activités des microorganismes pour mieux comprendre comment ceux-ci, impactés par les changements environnementaux, s’adaptent. Je procède à de l’échantillonnage sur le terrain (au niveau de lacs sur l’île de Cornwallis dans le Nunavut) pour faire un suivi de la production primaire et bactérienne, ainsi que pour extraire l’ADN et l’ARN des microorganismes lacustres. Des analyses au séquençage ARN 16S avec amplicon et au séquençage shotgun permettront de mesurer l’activité transcriptomique de gènes cibles et d’annoter des gènes encore inconnus présents dans le génome des microbiomes lacustres arctiques. J’ai également comme projet d’établir des collaborations avec des chercheurs du monde entier pour mieux anticiper les changements à venir dans les écosystèmes polaires.

86% of lakes are covered in ice for part of the year, but they are undergoing profound changes linked to climate disruption, such as a reduction in the thickness and duration of the ice cover on lakes, an increase in water connectivity and anthropogenic input. These changes will have a profound effect on lake microbiomes, as microorganisms play key roles in lake ecosystems, particularly in the Arctic. The aim of my research project is to determine the taxonomy and activities of lake microorganisms and gain a better understanding of how they adapt to the impact of environmental change. I am carrying out field sampling (at lakes on Cornwallis Island in Nunavut) to monitor primary and bacterial production, and to extract DNA and RNA from lake microorganisms. Analyses using 16S RNA sequencing with amplicon and shotgun sequencing will be used to measure the transcriptomic activity of target genes and to annotate as yet unknown genes present in the genome of Arctic lake microbiomes. I also plan to establish collaborations with researchers around the world to better anticipate future changes in polar ecosystems.